Kultivēšana kratītā kolbā atšķiras no virsmas kultivēšanas, kur šūnas tiek tieši pakļautas augstai skābekļa koncentrācijai. Kratīšanas kolbu kultūrās šūnas tiek pakļautas zemai skābekļa koncentrācijai, jo mikroorganismi ir suspendēti kultūras buljonā.